Fondul de manuscrise al Bibliotecii este unul dintre cele mai reprezentative din România, el cuprinzând unicate slavone, greceşti, latineşti, româneşti precum şi o serie de vechi manuscrise muzicale.  Cele peste 1000 de manuscrise datează din perioade cuprinse între secolele XIV-XX; dintre manuscrisele mai recente, amintim pe cele ale: pr. acad. Nicolae M. Popescu, pr. acad. Gala Galaction, pr. prof. D. Stăniloae, prof. Teodor M. Popescu, ieroschim. martir Sandu Tudor, ale vestiţilor profesori de la Facultatea de Teologie din Cernăuţi: Vasile Gheorghiu, Cicerone Iordăchescu, Vasile Loichiţă sau ale impresionantei artiste, Olga Greceanu, autoarea frescei care împodobeşte monumentala  incintă a bibliotecii.